Laboratorium Sains Molekuler

Laboratorium Sains Molekuler

Core Scientist :

• Prof. Dr. Ir. Iskandar Zulkarnaen Siregar, M.For.Sc. (Departemen Silvikultur, FAHUTAN IPB)
• Fifi Gus Dwiyanti, S.Hut., M.Agr., Ph.D. (Departemen Silvikultur, FAHUTAN IPB)
• Deden Derajat Matra, S.P., M.Agr., Ph.D. (Departemen Agronomi dan Hortikultura, FAPERTA IPB)
• Dr. Puji Rianti, S.Si., M.Si. (Departemen Biologi, FMIPA IPB)
• Dr. Sintho Wahyuning Ardie, S.P., M.Si. (Departemen Agronomi dan Hortikultura, FAPERTA IPB)

Staf :

• Bambang Hermawan, S.Bio., M.Si.
• Nadya Nurafifah Andriya, S.Si., M.Si.

Layanan :

1. Bench Fee Ekstraksi Non Tissue Lyser (per semester*)
2. Bench Fee Ekstraksi Tissuelyser (per semester**)

Peralatan yang Tersedia :

• Thermalcycler Real Time PCR

Tipe : StepOne™ Real-Time PCR System, Thermo Fisher Scientific
Deskripsi : Alat untuk melakukan salah satu teknik biologi molekular berdasarkan PCR (Polymerase Chain Reaction). Alat dapat memonitor replikasi atau perbanyakan dari molekul DNA selama proses PCR berlangsung (yaitu real-time dan bukan pada akhir proses reaksi seperti PCR konvensional). Real-time PCR dapat digunakan secara kuantitatif, semi-kuantitatif, atau kualitatif.
Spesifikasi Alat :
· Memiliki 3 sistem dye
· Kapasitas : 48 well platform
· RT-PCR tubes : 0.1 mL (optical 8 cup strip atau 48 well reaction plate)

• Nano Photometer

Tipe : Nano Photometer® NP80, IMPLEN
Deskripsi : Merupakan suatu alat spektroskopi yang mengukur nilai absorbansi dari sampel yang mampu menganalisa kemurnian DNA, RNA, protein, serta dapat mengukur kerapatan sel mikroorganisme.
Spesifikasi Alat :
· Kisaran deteksi dsDNA : 1 – 16,500 ng/μL
· Kisaran deteksi BSA : 0.03 – 478 mg/mL
· Jumlah minimal sampel : 0.3 μL
· Kisaran fotometrik : 0.02 – 330 A
· Faktor pengencer : 15 dan 140
· Vortexer : 2,800 rpm; ukuran tube sampai dengan 2.0 mL

• Mesin Sekuensing

Tipe : Genetic Analyzers ABI 3500, Hitachi
Deskripsi : Merupakan alat yang digunakan untuk menganalisis urutan basa nukleotida dari suatu DNA makhluk hidup dan analisis fragmentasi. Alat ini disebut juga sebagai alat sekuenser karena dapat digunakan untuk sekuensing dan resekuensing de Novo (profil mutasi), analisis.
Spesifikasi Alat :
· Sistem 8 kapiler
· Panjang kapiler : 50 cm, 36 cm
· Polimer : POP-4, POP-6, POP-7
· Panjang pembacaan : >850 bp menggunakan kapiler 50 cm dan polimer POP-7
· Kemampuan multipleks canggih untuk analisis fragmen DNA dengan hingga enam pewarna unik
· Teknologi Radio Frequency Identification (RFID) yang melacak data bahan habis pakai utama dan mencatat informasi administratif
· Kemampuan multipleks canggih untuk analisis fragmen DNA dengan hingga enam pewarna unik

• Flow Cytometer

Tipe : NovoCyte 1000, ACEA Bioscience Inc.
Deskripsi : Merupakan alat yang digunakan untuk mendeteksi dan mengukur karakteristik fisik dan kimia suatu populasi sel atau partikel. Baik itu sel hewan maupun sel tumbuhan.
Spesifikasi Alat :
· Panjang gelombang laser : 488 nm (biru)
· Fluorescence channels : 3

• Cell Disruptor

Tipe : Tissue Lyser II, Qiagen
Deskripsi : Merupakan alat destruksi atau penghancuran dari sampel baik berupa jaringan manusia, hewan, dan tumbuhan, bakteri, dan ragi. Sehingga kemudian dapat memudahkan dalam proses pemurnian DNA, RNA, miRNA, dan protein dari jaringan yang sulit dilisis. Proses penghancuran dilakukan oleh alat dengan pengocokan berkecepatan tinggi dalam tabung plastik (microcentrifuge atau micro collection) dengan baja (bead) tahan karat atau manik kaca.
Spesifikasi Alat :
· Set Adaptor TissueLyser : 2 x 24 sampel dalam tabung microcentrifuge 2 mL atau 2 x 96 sampel dalam tabung mikro collection

• Thermalcycler Pro Flex PCR (3 x 32 well)

Tipe : Pro Flex, Thermo Fisher Scientific
Deskripsi : Alat yang digunakan untuk mengampiflikasi target segmen target. Memiliki 3 blok yang menjalankan 3 program berbeda dalam waktu bersama.
Spesifikasi Alat :
· Maximum block ramp rate : 6°C/detik
· Maximum sample ramp rate : 4.40°C/detik
· Temperature accuracy : ±0.25°C (35 – 99.9°C)
· Temperature range for protocol run : 0°C – 100.0°C
· PCR volume range : 10 – 80 µL
· VeriFlex blocks : 3 x 32 well, 0.2 mL, independent control : 5°C, 2 VeriFLex zones

• Thermalcycler Simpliamp PCR (96 well)

Tipe : Simpliamp PCR, Thermo Fisher Scientific
Deskripsi : Alat yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan material genetik dari sel, bakteri, atau virus. Peruntukan alat ini untuk amplifikasi PCR.
Spesifikasi Alat :
· Maximum block ramp rate : 4°C/detik
· Maximum sample ramp rate : 3°C/detik
· Temperature accuracy : ±0.25°C (35 – 99.9°C)
· Temperature range for protocol run : 0°C – 100.0°C
· PCR volume range : supported : 10 – 100 µL; settable : 1 – 100 µL
· VeriFlex blocks : 3 VeriFlex zones; supported 10°C (5°C zone–to–zone); settable 20°C (10°C zone–to–zone)

• Mesin Elektroforesis

Tipe : Mupid-EXU dengan Power Supply
Deskripsi : Digunakan untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel (DNA, RNA, protein). Diperuntukkan untuk uji kualitas DNA.
Spesifikasi Alat :
· UV transmitting : 254 nm, 312 nm
· Volume sampel : 270 – 320 ml (buffer dan gels)
· Inteligent power supply : output voltage : 135 V, 100 V; 50 V; 25 V, 70 V, 35 V, 16 V
· Waktu : 0 – 90 menit dan continuous
· Sensor keamanan : infrared detector
· Gel tray (normal) : 130 x 13 x 59,5 mm
· Gel tray (besar) : 130 x 13 x 122 mm
· Complete system : satu sistem elektroforesis, satu set gel maker (4 combs, 1 large tray, 2 small trays, 1 gel casting stand)

• Mesin Elektroforesis

Tipe : HU13 Midi Horizontal Scie-Plas dan Power Supply EV3610
Deskripsi : Digunakan untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel (DNA, RNA, protein). Diperuntukkan untuk uji kualitas DNA.
Spesifikasi Alat :
· Volume buffer : 900 mL
· Buffer circulation ports : 2
· Ketebalan comb : 1, 1.5, dan 2 mm
· Migration distance between comb slots : 3.5 cm
· Recommended running voltage : 100 – 125 V
· Complete system : midi horizontal gel unit dengan removable casting tray dan 2 x 1 mm thick, 16 sample combs, loading strips berwarna, dan buffer recirculation ports

• Gel Doc

Tipe : Gel Doc EZ, Bio Rad
Deskripsi : Alat untuk memvisualkan dari hasil elektroforesis pada medium gel.
Spesifikasi Alat :
· Image area : 15 x 11.2 cm
· Excitation source : Trans UV B (302 nm peak)
· Tersedia 3 tray : UV tray, White Light tray, dan Stain Free tray
· UV tray : Ethidium bromide, SYBR Green, SYBR Safe, SYBR Gold, GelGreen, GelRed, Flamingo fluorescent gel stain, Oriole fluorescent gel stain, Coomassie Fluor Orange,
· SYPRO Ruby, Krypton
· White Light tray : Fast Blast DNA stain, Coomassie Blue stain, Cooper stain, Zinc stain, Silver stain
· Stain Free tray : Stain-free gels, Stains-free blots

• Benctop Sentrifuge

Tipe : Sorvall Legend Micro 17 Centrifuge, Thermo scientific
Deskripsi : Alat untuk memisahkan partikel-partikel dari suatu fluida berdasarkan massa jenisnya dengan memberikan gaya sentripetal dengan cara memutar sampel pada kecepatan tertentu.
Spesifikasi Alat :
· Rentang kecepatan (tergantung pada rotor) : 300 – 13,300 rpm
· NIlai RCF pada kecepatan maksimal : 17,000 x g
· Waktu : tidak terbatas
· Kapasitas : 24 x 2 mL tabung microcentrifuge

• Shaker

Tipe : Thermo Shaker TS-100, Biosan
Deskripsi : Alat yang mempertahankan suhu tertentu untuk menciptakan suhu yang konstan dan dilengkapi dengan shaker untuk menghomogenkan tabung yang sedang diinkubasi dalam kecepatan tertentu. Implementasi dari alat : 1. Shaker; 2. Dry-block thermostat; dan 2. Thermo-Shaker.
Spesifikasi Alat :
· Rentang pengaturan suhu : +25°C … +100°C
· Rentang kendali suhu : 5°C di atas suhu sekitar … +100°C
· Stabilitas suhu : ±0,1°C
· Akurasi suhu pada +37°C : ±0.5°C
· Rentang kendali kecepatan : 250 – 1,400 rpm
· Pengaturan waktu digital : 1 menit – 96 jam (kenaikan 1 menit)
· Kapasitas : 24 x 2 mL tabung microcentrifuge

• Autoclave

Tipe : HICLAVE, HVE-50, Hirayama
Deskripsi : Alat yang digunakan dalam proses sterilisasi dengan tekanan dan suhu tinggi.
Spesifikasi Alat :
· Kapasitas : 50 L
· Ukuran (∅ x H mm) : 300 x 710
· Mode : 3 mode (LIQUID dengan pemanasan, LIQUID tanpa pemanasan, SOLID)
· Rentang pengaturan suhu :
· sterilisasi : 105 – 135°C
· pemanasan : 45 – 80°C
· lid lock : 97°C
· Rentang pengaturan waktu :
· sterilisasi : 1 – 250 menit
· pemanasan : 20 jam
· Pengaturan exhaust : 3 level (natural cooling, pulse cooling, forced cooling)
· Tekanan kerja maksimum : 0.255 MPa
· Termometer tampilan digital : 5 – 137°C
· Pengukur tekanan tampilan analog : 0 – 0.4 MPa

• Analytical Balance

Tipe : ABJ-NM/ABS-N, KERN
Deskripsi : Alat yang digunakan untuk mengukur massa dengan beban kapasitas yang sangat kecil.
Spesifikasi Alat :
· NIlai akurasi : 4 digit angka dibelakang koma dalam satuan (unit) gram (0.0001 g) atau (0.1 mg)

• Precision Balance

Tipe : EMS 3000-2, KERN
Deskripsi :
Spesifikasi Alat :
· Keterbacaan (d) : 0.01 g
· Kisaran penimbangan (maks) : 3,000 g
· Kisaran penakaran (subtraktif) : 3,000 g
· Reproduksibilitas : 0.02 g
· Linearitas : ±0.05 g
· Berat satuan minimum pada penghitungan potongan : 0.05 g
· Piringan penimbang : 160 mm x 160 mm

• Water Bath

Tipe : WNB 7, Memmert
Deskripsi : Alat penghangat atau pemanas menggunakan air yang digunakan untuk inkubasi sampel, reagen, atau medium lainnya pada suhu stabil.
Spesifikasi Alat :
· Volume : 7 L
· Rentang pengaturan suhu : 10 – 95°C
· Akurasi pengaturan : 0.1°C
· Akurasi indikasi : 0.1°C

• Digital Dry Bath Heater

Tipe :  6886-DB, LSE Digital Dry Bath, CORNING
Deskripsi : Alat penghangat atau pemanas yang digunakan untuk inkubasi sampel, reagen, atau medium lainnya pada suhu stabil.
Spesifikasi Alat :
· Rentang suhu : 5 – 150°C
· Keseragaman suhu : ±0.2°C (pada suhu 37°C dalam balok)
· Akurasi suhu : ±0.3°C
· Pengaturan waktu : 1 – 99 jam 59 menit atau terus menerus dengan kelipatan 1 menit

• Hot Plate Stirrer 

Tipe : C-MAG HS 7, IKA
Deskripsi : Alat yang digunakan untuk memanaskan dan mencapurkan bahan hingga homogen.
Spesifikasi Alat :
· Ukuran plat : 180 x 180 mm
· Rentang kecepatan : 0 / 50 – 1,500 rpm
· Akurasi pengaturan kecepatan : 10 rpm
· Panjang batang pengaduk : 30 – 80 mm
· Rentang pengaturan suhu : 0 – 500°C

• Multi Vortex

Tipe : Multi-Vortex V-32, BIOSAN
Deskripsi : Alat yang digunakan untuk mencampurkan cairan dengan proses homogenisasi.
Spesifikasi Alat :
· Rentang kecepatan : 500 – 3,000 rpm
· Waktu akselerasi : 3 detik
· Waktu pengoperasian : 24 jam (maks)
· Menggunakan platform universal 32 soket untuk tabung tipe eppendorf hingga 1.5 mL (1.5 / 0.5 / 0.2 mL — 16 / 8 / 8 soket)
· Muatan maksimal : 70 gram

• Bio Safety Cabinet

Tipe : Interceptor Vertical Laminar Flow, KEWAUNEE Science Corporation
Deskripsi : –
Spesifikasi Alat : –

• Lab Refregerator

Tipe : AB-106-R, GEA
Deskripsi : Lemari penyimpan reagen dan sampel pada suhu rendah.
Spesifikasi Alat :
· Volume : 100 L
· Suhu : -18 ∼ -26°C

• Lab Refregerator

Tipe : AB-226-R, GEA
Deskripsi : Lemari penyimpan reagen dan sampel pada suhu rendah.
Spesifikasi Alat :
· Volume : 220 L
· Suhu : -18 ∼ -26°C

• Multichanel Pipet

Tipe : Pipet-Lite XLS, Raining
Deskripsi : Alat bantu untuk memindahkan dan mengukur volume larutan dalam kelipatan 8 pada suatu waktu.
Spesifikasi Alat :
· Volume : 0.5 – 10 µL

• Pipet Saluran Tunggal Manual

Tipe : Finnpipette F1, Thermo Science
Deskripsi : Alat bantu untuk memindahkan dan mengukur volume larutan.
Spesifikasi Alat :
· Volume : 0.5 – 1.000 µL